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频率分布图和散点图SOP,R教程

640.png

一、 频率分布图

1.1 数据准备

需要将数据和代码放入同一文件夹:

ATPAN.csv文件

RTPAN.csv文件

1.2 数据格式

640 (6).png

1.3 画图

##画左边一列2个图

  • dev.new()

  • par(mfcol=c(2,2))

  • otu=read.csv("ATPAN.csv",row.names=1,header=T) 

  • B<-otu$B

  • h<-hist(B,freq=FALSE,breaks=10,col="red",ylim=c(0,5),xlim=c(0,1),main="Abundant bloom")

  • lines(density(B),col="blue",lwd=2)

  • box()

  • NB<-otu$NB 

  • h<-hist(NB,freq=FALSE,breaks=10,col="red",xlim=c(0,1),ylim=c(0,5),main="Abundant non-bloom")

  • lines(density(NB),col="blue",lwd=2)

  • box()

##画右边一列2个图

  • otu=read.csv("RTPAN.csv",row.names=1,header=T) 

  • B<-otu$B 

  • B<-na.omit(B)

  • h<-hist(B,freq=FALSE,breaks=20,col="red",ylim=c(0,5),xlim=c(0,1),main="Rare bloom")

  • lines(density(B),col="blue",lwd=2)

  • box()

  • NB<-otu$NB 

  • h<-hist(NB,freq=FALSE,breaks=20,col="red",xlim=c(0,1),ylim=c(0,5),main="Rare non-bloom")

  • lines(density(NB),col="blue",lwd=2)

  • box()

##R软件出图效果

将原图保存为PDF格式文件

640 (1).png

1.4 AI修图

在AI中修图,得到最终图如下:

640 (2).png

1.4.1 颜色调整

将第一横排(左、右)两图颜色调为红色(R:231, G:33, B:26);将第二横排(左、右)两图颜色调为绿色(R:33, G:164, B:100)

1.4.2  字体类型和大小

“A”为Arial(Bold),字体大小为14 pt;横坐标和纵坐标字体大小为8 pt;“Particle-association niche index”字体大小为9 pt,字体均为Arial(Regular)

1.4.3  描边

拟合曲线:1 pt

其他:0.75 pt

1.4.4  画布宽度

148 mm

1.4.5  颜色类型

RGB

1.4.6  分辨率

600 bpi

二、带误差棒的散点图

2.1 数据准备

需将以下文件放入同一文件夹:

ATTAX.csv文件 

RTTAX.csv文件

2.2数据格式

ATTAX表排列

640 (4).png

RTTAX表排列

640 (3).png

2.3画图

#出图p1

  • install.packages("ggplot2")

  • library(ggplot2)

  • theme_set(theme_bw())

  • dev.new()

  • par(mfcol=c(1,2))

  • Tax=read.csv("ATTAX.csv",row.names=1,header=T)

  • p1<-ggplot(Tax, aes(x=Taxonomy, y=Mean, colour=Status))+geom_errorbar(aes(ymin=Mean-SE, ymax=Mean+SE), width=0.4)+geom_point(size=4)+coord_flip()+scale_x_discrete(limits=c("Verrucomicrobia","Gammaproteobacteria","Deltaproteobacteria","Betaproteobacteria","Alphaproteobacteria","Firmicutes","Chloroflexi","Acidobacteria","Bacteroidetes","Actinobacteria"))+scale_y_continuous(limits=c(0, 1)) 

#出图p2

  • Tax=read.csv("RTTAX.csv",row.names=1,header=T)#输入数据RTTAX

  • p2<-ggplot(Tax, aes(x=Taxonomy, y=Mean, colour=Status))+geom_errorbar(aes(ymin=Mean-SE, ymax=Mean+SE), width=0.4)+geom_point(size=4)+coord_flip()+scale_x_discrete(limits=c("Verrucomicrobia","Gammaproteobacteria","Deltaproteobacteria","Betaproteobacteria","Alphaproteobacteria","Firmicutes","Chloroflexi","Acidobacteria","Bacteroidetes","Actinobacteria"))+scale_y_continuous(limits=c(0, 1))

#合并图P1与P2

  • install.packages("gridExtra")

  • library(gridExtra)

  • dev.new()

  • grid.arrange(p1,p2,nrow=1)

##R软件出图

将原图保存为PDF格式文件

640 (5).png

三、进行Mann-Whitney检验

3.1 数据准备

MW.xlsx文件

3.2数据格式

640 (7).png

“1”代表水华,“2”代表非水华

3.3 计算显著性P值

导入数据

选择工具栏上“分析”——“非参数检验”——“2个独立样本”,具体如下操作:

640 (8).png
640 (10).png

单击“确定”出如下结果:

640 (11).png

渐近显著性(双侧)代表在P < 0.01水平上具有显著差异,图中用“**”表示,以此方法依次计算其他分类群水华与非水华的比较。

3.4 AI中精修

在AI中修图,得到精修图如下:

640 (12).png

3.4.1  颜色调整

将属于Bloom分类群的图标调为红色(R:217, G:40, B:29),属于Non-Bloom分类群的图标调为绿色(R:37, G:157, B:97)

3.4.2  字体类型和字体大小

“B”为Arial(Bold),字体大小为14 pt;横坐标和纵坐标字体大小为8 pt;“Particle-association niche index”字体大小为9 pt,字体均为Arial(Regular);“**”字体Times New Roman(Regular),字体大小为17 pt

3.4.3  描边

0.75 pt

3.4.4  图片宽度

148 mm

3.4.5  颜色类型

RGB

3.4.6  分辨率

600 bpi

3.4.7  拼接

最后将A图与B图拼在一起,得到下图:

640 (13).png

参考文献

  • Min Liu, Lemian Liu, Huihuang Chen, Zheng Yu, Jun R. Yang, Yuanyuan Xue, Bangqin Huang, Jun Yang. (2019). Community dynamics of free-living and particle-attached bacteria following a reservoir Microcystis bloom. Science of the Total Environment, 660, 501–511


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